奥田 覚

Ph.D. (graduated on Spring 2013)

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Updated on Mar. 2013
Research Interests

  • Biomechanics
  • Soft Matter Physics
  • Biophysics
  • Developmental Biology
  • Computational Mechanics



Degrees

B.S. : Mechanical Engineering Science, Kyoto University, Japan, 2008
M.S. : Mechanical Engineering and Science, Kyoto University, Japan, 2010
Ph.D. : Microengineering, Kyoto University, Japan, 2013



Experience

2004.4-2008.3 : Undergraduate School of Engineering Science, Faculty of Engineering, Kyoto University
2008.4-2011.3 : Depertment of Mechanical Engineering and Science, Graduate school of Engineering, Kyoto University
2010.4-2013.3 : Research Fellow, Japan Society for the Promotion of Science (DC1)
2011.4-2013.3 : Depertment of Micro Engineering, Graduate school of Engineering, Kyoto University
2013.4- : RIKEN Center for Developmental Biology



Publication

Refereed Papers
  1. Satoru Okuda, Yasuhiro Inoue, Mototsugu Eiraku, Yoshiki Sasai, and Taiji Adachi,
    "Apical contractility in growing epithelium supports robust maintenance of smooth curvatures against cell-division-induced mechanical disturbance,"
    Journal of Biomechanics (in press).
  2. Satoru Okuda, Yasuhiro Inoue, Mototsugu Eiraku, Yoshiki Sasai, and Taiji Adachi,
    "Modeling cell proliferation for simulating three-dimensional tissue morphogenesis based on a reversible network reconnection framework,"
    Biomechanics and Modeling in Mechanobiology (in press).
  3. Satoru Okuda, Yasuhiro Inoue, Mototsugu Eiraku, Yoshiki Sasai, and Taiji Adachi,
    "Reversible network reconnection model for simulating large deformation during dynamic tissue morphogenesis,"
    Biomechanics and Modeling in Mechanobiology (in press).
  4. Satoru Okuda, Takashi Uneyama, Yasuhiro Inoue, Yuichi Masubuchi, and Masaki Hojo,
    "Soft-core interaction between entanglement segments for primitive chain network simulations,"
    Journal of the Society of Rheology, Japan, 40, pp. 21-30, 2012.
  5. Mototsugu Eiraku, Nozomu Takata, Hiroki Ishibashi, Masako Kawada, Eriko Sakakura, Satoru Okuda, Kiyotoshi Sekiguchi, Taiji Adachi, and Yoshiki Sasai,
    "Self-organizing optic-cup morphogenesis in three-dimensional culture,"
    Nature, 472, pp. 51-56, 2011.
  6. Satoru Okuda, Yasuhiro Inoue, Yuichi Masubuchi, Takashi Uneyama, and Masaki Hojo,
    "Wall boundary model for primitive chain network simulations,"
    Journal of Chemical Physics, 130, pp. 214907-214913, 2009.



Talks

Invited Talk
  1. 奥田覚，井上康博，永樂元次，笹井芳樹，安達泰治,
    「多細胞間の力学的相互作用に基づく三次元組織形成シミュレーション」,
    生命情報科学若手の会　第4回研究会，愛知，2013年3月.


Invited Symposia
  1. 奥田覚，井上康博，永樂元次，笹井芳樹，安達泰治,
    「形態形成過程における多細胞組織の大変形シミュレーションのためのリバーシブル・ネットワーク・リコネクションモデル」,
    企画シンポジウムS5 生物のかたちを理解するための数理的手法：発生から適応まで, 日本数理生物学会第22回大会，岡山，2012年9月.
  2. Satoru Okuda, Yasuhiro Inoue, Mototsugu Eiraku, Yoshiki Sasai, and Taiji Adachi,
    "Computational model for large deformations of multiple-cell aggregate during tissue morphogenesis",
    MS-037 Computational mechanobiology at molecular, cellular and multi-cellular levels, World Congress of Computational Mechanics, 16818, Sao Paulo, Brazil, Jul. 2012.


International Conferences
  1. Satoru Okuda, Yasuhiro Inoue, Mototsugu Eiraku, Yoshiki Sasai, and Taiji Adachi,
    "Large deformation of multicellular tissues during morphogenesis using reversible network reconnection model",
    Exciting Biologies: Forces in Biology, Dublin, Irland, Oct. 2012.
  2. Satoru Okuda, Yasuhiro Inoue, Mototsugu Eiraku, Yoshiki Sasai, and Taiji Adachi,
    "Three-dimensional vertex model for morphogenesis of multiple-cell tissue with physical and topological consistency",
    CDB Symposium 2012: Quantitative Developmental Biology, P61, Kobe, Japan, Mar. 2012.
  3. Satoru Okuda, Yasuhiro Inoue, Mototsugu Eiraku, Yoshiki Sasai, and Taiji Adachi,
    "Three-dimensional vertex model for simulating large deformation of cell aggregates during tissue morphogenesis",
    International Symposium on Cellular Mechanobiology, PP-18, Kyoto, Japan, Mar. 2012.
  4. Satoru Okuda, Yasuhiro Inoue, Mototsugu Eiraku, Yoshiki Sasai, and Taiji Adachi,
    "Physical and geometrical improvements of three-dimensional vertex model for simulating morphogenetic dynamics of multicellular tissue in development",
    Exciting biology series: Biology at the interface, P44, Kobe, Japan, Sept. 2011.
  5. Satoru Okuda, Yasuhiro Inoue, Yuichi Masubuchi, Takashi Uneyama, and Masaki Hojo,
    "Development of wall boundary model for primitive chain network simulations,"
    81st Annual Meeting of The Society of Rheology, PO69, Madison, Wisconsin, USA, Oct. 2009.
  6. Satoru Okuda, Yasuhiro Inoue, Masaki Hojo, and Yuichi Masubuchi,
    "A wall boundary condition for primitive chain network simulations,"
    Meso-scale dynamics on interface 2008, Poster-18, Tokyo, Japan, Mar. 2008.
  7. Satoru Okuda, Yasuhiro Inoue, Masaki Hojo, and Yuichi Masubuchi,
    "Primitive chain network simulation of confined polymer dynamics between walls,"
    Rheology and Dynamics of Entangled Polymers, Kyoto, Japan, Mar. 2008.


Domestic Conferences
  1. 奥田覚，井上康博，永樂元次，笹井芳樹，安達泰治,
    「リバーシブル・ネットワーク・リコネクションモデルに基づく組織形態形成シミュレーションのための細胞増殖の数理モデル化」,
    日本機械学会 第25回バイオエンジニアリング講演会，2F16，大阪，2013年1月.
  2. 奥田覚，井上康博，永樂元次，笹井芳樹，安達泰治,
    「リバーシブル・ネットワーク・リコネクションモデルによる形態形成過程の組織大変形シミュレーション」,
    第50回日本生物物理学会年会，1PT219，愛知，2012年9月.
  3. 奥田覚，井上康博，永樂元次，笹井芳樹，安達泰治,
    「組織発生の形態形成過程における細胞の分裂と成長のモデル化」,
    日本機械学会 第24回バイオエンジニアリング講演会，8C43，大阪，2012年1月.
  4. 奥田覚，井上康博，永樂元次，笹井芳樹，安達泰治,
    「シート状多細胞組織の形態発生に関する数理モデルの検討」,
    日本機械学会2011年度年次大会，J025021，東京，2011年9月.
  5. 奥田覚，井上康博，増渕雄一，畝山多加志，北條正樹，
    「固体壁間の高分子溶融体における分子鎖の拡散運動:プリミティブチェーンネットワークシミュレーションによる検討」，
    日本レオロジー学会　第57回レオロジー討論会，1B06，新潟，2009年10月.
  6. 奥田覚，井上康博，増渕雄一，畝山多加志，北條正樹，
    「プリミティブチェーンネットワークシミュレーション:固体壁面間隔が高分子溶融体中の分子鎖からみあいに及ぼす束縛効果」，
    日本機械学会　第22回計算力学講演会，1037，石川, 2009年10月.
  7. 奥田覚，井上康博，北條正樹，増渕雄一，畝山多加志，
    「プリミティブチェーンネットワークシミュレーションによる微小壁面間隔が高分子に与える束縛効果の検討」，
    日本材料学会　第14回分子動力学シンポジウム，O7，愛媛，2009年5月.
  8. 奥田覚，井上康博，増渕雄一，畝山多加志，北條正樹，
    「プリミティブチェーンネットワークモデルによる壁面間の高分子ダイナミクスシミュレーションの検討」，
    日本レオロジー学会　第36年会，P11，京都，2009年5月.
  9. 奥田覚，井上康博，北條正樹，増渕雄一，
    「プリミティブチェーンネットワークシミュレーションのための固体壁モデルの提案」，
    日本機械学会　第21回計算力学講演会，223，沖縄，2008年11月.
  10. 奥田覚，井上康博，北條正樹，増渕雄一，
    「固体壁間における高分子溶融体のプリミティブチェーンネットワークシミュレーション」，
    日本レオロジー学会　第56回レオロジー討論会，1D07，新潟，2008年10月.


Other Talks
  1. 奥田覚，井上康博，永樂元次，笹井芳樹，安達泰治,
    「組織の形態形成過程における多細胞ダイナミクスの力学シミュレーション」,
    第3回 Vivid Workshop ―細胞機能と分子活性の多次元蛍光生体イメージング―，石川，2013年2月.
  2. 奥田覚，井上康博，永樂元次，笹井芳樹，安達泰治,
    「三次元バーテックスモデルに基づく多細胞組織形成過程の力学シミュレーション」,
    名古屋大学大学院医学系研究科細胞生物学分野にてセミナー，愛知，2013年2月.
  3. 奥田覚，井上康博，永樂元次，笹井芳樹，安達泰治,
    「多細胞組織の形態形成ダイナミクスシミュレーション」,
    5拠点ミーティング，PD3，兵庫，2013年2月.
  4. 奥田覚，井上康博，永樂元次，笹井芳樹，安達泰治,
    「Computational Biomechanics in Complicated Deformation during Dynamic Tissue Morphogenesis」,
    平成24年度京都大学再生医科学研究所若手発表会，YO-2, YP-9，京都，2012年12月.
  5. 奥田覚，井上康博，永樂元次，笹井芳樹，安達泰治,
    「Computational biomechanics for large deformations of multiple-cell aggregates during tissue morphogenesis」,
    京都大学再生医科学研究所「再生医学・再生医療の先端融合的共同研究拠点」平成23年度学術講演会，25，京都，2011年12月.
  6. 奥田覚，井上康博，北條正樹，増渕雄一，畝山多加志，
    「固液界面におけるからみあい高分子の分子鎖ダイナミクスシミュレーション」,
    九州大学応用力学研究所研究集会報告21ME-S5ナノ複合材料等次世代複合材料の創製及び評価，福岡，2010年1月.



Memberships

  • The Japan Society of Mechanical Engineers
  • The Society of Rheology, Japan
  • The Biophysical Society of Japan



(c) 2011 Department of Biomechanics, Institute for Frontier Medical Sciences, Kyoto University